از دیدگاه آیت‌الله معرفت، منابع تفسیر قرآن عبارت‌اند از قرآن، سنت معصومان:، عقل برهانی و علم تجربی و چون «منهج تفسیری» هر مفسر، پیوندی تنگاتنگ با دیدگاه او درباره «منابع تفسیر قرآن» دارد، می‌توان منهج تفسیری ایشان را «منهج اجتهادی جامع» نامید که دربردارندهٴ «تفسیر قرآن با قرآن»، «تفسیر قرآن با سنت»، «تفسیر قرآن با عقل برهانی» و «تفسیر قرآن با علم تجربی» است. آیت‌الله معرفت، تفسیر قرآن با قرآن را بهترین و متقن‌ترین راه فهم قرآنمی‌داند. ایشان نقش معصومان: را نیز در تفسیر قرآن نقش آموزشی و راهنمایی به راه‌های تفسیرمی‌داند. به نظر ایشان، استفاده روشمند از منبع عقل در تفسیر ضروری است و گسترش علم و فلسفه از عوامل مؤثر در فهم قرآن است. از نظر آیت‌الله معرفت، تفسیر قرآن با کشف و شهود عرفانی، فاقد اعتبار است؛ اما اگر تأویلات اهل عرفان جنبه «استشهاد» داشته باشند نه «استناد»،می‌توان آنها را از باب «تداعی معانی» پذیرفت. آرای تفسیری صحابیان را با قیود و شرایطیمی‌توان پذیرفت. آرای تفسیری تابعیان نیز تنها در حد مؤید و شاهد اعتبار دارند و تنها برای توانمندسازی مفسر در استنباط از قرآن راهگشایند. تفسیر به رأینیز ازآن‌رو که «تحمیل» رأی بر قرآن است نه «تفسیر قرآن»، فاقد اعتبار است.
)